Added all the documentation files
authorAntonio Jimenez Pastor <antonio@ebook.dk-compmath.jku.at>
Wed, 10 Jul 2019 20:14:47 +0000 (22:14 +0200)
committerAntonio Jimenez Pastor <antonio@ebook.dk-compmath.jku.at>
Wed, 10 Jul 2019 20:14:47 +0000 (22:14 +0200)
Updated the Makefile: fixed small error in the name of the package

Small change in ddFunction.py

Makefile
ajpastor/dd_functions/ddFunction.py
docs/Makefile [new file with mode: 0644]
docs/source/conf.py [new file with mode: 0644]
docs/source/ddExamples.rst [new file with mode: 0644]
docs/source/ddFunction.rst [new file with mode: 0644]
docs/source/index.rst [new file with mode: 0644]
docs/source/toDiffAlgebraic.rst [new file with mode: 0644]
setup.py

index 08fca30..a352546 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -6,7 +6,7 @@ VERSION=$(shell cat ./VERSION)
 SAGE = sage
 
 # Package folder
-PACKAGE = sage_sample
+PACKAGE = ajpastor
 
 all: install test
        
@@ -66,5 +66,5 @@ clean_pyc:
        @echo "Cleaning the Python precompiled files (.pyc)"
        @find . -name "*.pyc" -exec rm {} +
 
-.PHONY: all install develop test coverage clean clean-doc doc doc-pdf
+.PHONY: all install develop test coverage clean clean_doc doc doc-pdf
        
index 3e10024..00e8dd9 100644 (file)
@@ -16,7 +16,6 @@ from sage.categories.pushout import ConstructionFunctor;
 
 #ajpastor imports
 from ajpastor.operator.operator import Operator;
-from ajpastor.operator.oreOperator import w_OreOperator;
 from ajpastor.operator.directStepOperator import DirectStepOperator;
 from ajpastor.operator.fullLazyOperator import FullLazyOperator;
 
@@ -2935,6 +2934,8 @@ def _command_list(elements):
 # Some global pre-defined DD-Rings
 DFinite = None;
 try:
+    from ore_algebra import *;
+    from ajpastor.operator.oreOperator import w_OreOperator;
     DFinite = DDRing(PolynomialRing(QQ,x), default_operator=w_OreOperator);
 except ImportError:
     ## No ore_algebra package found
diff --git a/docs/Makefile b/docs/Makefile
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e949e5c
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,177 @@
+# Makefile for Sphinx documentation
+#
+
+# You can set these variables from the command line.
+SPHINXOPTS    =
+SPHINXBUILD   = sphinx-build
+PAPER         =
+BUILDDIR      = build
+
+# User-friendly check for sphinx-build
+ifeq ($(shell which $(SPHINXBUILD) >/dev/null 2>&1; echo $$?), 1)
+$(error The '$(SPHINXBUILD)' command was not found. Make sure you have Sphinx installed, then set the SPHINXBUILD environment variable to point to the full path of the '$(SPHINXBUILD)' executable. Alternatively you can add the directory with the executable to your PATH. If you don't have Sphinx installed, grab it from http://sphinx-doc.org/)
+endif
+
+# Internal variables.
+PAPEROPT_a4     = -D latex_paper_size=a4
+PAPEROPT_letter = -D latex_paper_size=letter
+ALLSPHINXOPTS   = -d $(BUILDDIR)/doctrees $(PAPEROPT_$(PAPER)) $(SPHINXOPTS) source
+# the i18n builder cannot share the environment and doctrees with the others
+I18NSPHINXOPTS  = $(PAPEROPT_$(PAPER)) $(SPHINXOPTS) source
+
+.PHONY: help clean html dirhtml singlehtml pickle json htmlhelp qthelp devhelp epub latex latexpdf text man changes linkcheck doctest gettext
+
+help:
+       @echo "Please use \`make <target>' where <target> is one of"
+       @echo "  html       to make standalone HTML files"
+       @echo "  dirhtml    to make HTML files named index.html in directories"
+       @echo "  singlehtml to make a single large HTML file"
+       @echo "  pickle     to make pickle files"
+       @echo "  json       to make JSON files"
+       @echo "  htmlhelp   to make HTML files and a HTML help project"
+       @echo "  qthelp     to make HTML files and a qthelp project"
+       @echo "  devhelp    to make HTML files and a Devhelp project"
+       @echo "  epub       to make an epub"
+       @echo "  latex      to make LaTeX files, you can set PAPER=a4 or PAPER=letter"
+       @echo "  latexpdf   to make LaTeX files and run them through pdflatex"
+       @echo "  latexpdfja to make LaTeX files and run them through platex/dvipdfmx"
+       @echo "  text       to make text files"
+       @echo "  man        to make manual pages"
+       @echo "  texinfo    to make Texinfo files"
+       @echo "  info       to make Texinfo files and run them through makeinfo"
+       @echo "  gettext    to make PO message catalogs"
+       @echo "  changes    to make an overview of all changed/added/deprecated items"
+       @echo "  xml        to make Docutils-native XML files"
+       @echo "  pseudoxml  to make pseudoxml-XML files for display purposes"
+       @echo "  linkcheck  to check all external links for integrity"
+       @echo "  doctest    to run all doctests embedded in the documentation (if enabled)"
+
+clean:
+       rm -rf $(BUILDDIR)/*
+
+html:
+       $(SPHINXBUILD) -b html $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/html
+       @echo
+       @echo "Build finished. The HTML pages are in $(BUILDDIR)/html."
+
+dirhtml:
+       $(SPHINXBUILD) -b dirhtml $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/dirhtml
+       @echo
+       @echo "Build finished. The HTML pages are in $(BUILDDIR)/dirhtml."
+
+singlehtml:
+       $(SPHINXBUILD) -b singlehtml $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/singlehtml
+       @echo
+       @echo "Build finished. The HTML page is in $(BUILDDIR)/singlehtml."
+
+pickle:
+       $(SPHINXBUILD) -b pickle $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/pickle
+       @echo
+       @echo "Build finished; now you can process the pickle files."
+
+json:
+       $(SPHINXBUILD) -b json $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/json
+       @echo
+       @echo "Build finished; now you can process the JSON files."
+
+htmlhelp:
+       $(SPHINXBUILD) -b htmlhelp $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/htmlhelp
+       @echo
+       @echo "Build finished; now you can run HTML Help Workshop with the" \
+             ".hhp project file in $(BUILDDIR)/htmlhelp."
+
+qthelp:
+       $(SPHINXBUILD) -b qthelp $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/qthelp
+       @echo
+       @echo "Build finished; now you can run "qcollectiongenerator" with the" \
+             ".qhcp project file in $(BUILDDIR)/qthelp, like this:"
+       @echo "# qcollectiongenerator $(BUILDDIR)/qthelp/slabbe.qhcp"
+       @echo "To view the help file:"
+       @echo "# assistant -collectionFile $(BUILDDIR)/qthelp/slabbe.qhc"
+
+devhelp:
+       $(SPHINXBUILD) -b devhelp $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/devhelp
+       @echo
+       @echo "Build finished."
+       @echo "To view the help file:"
+       @echo "# mkdir -p $$HOME/.local/share/devhelp/slabbe"
+       @echo "# ln -s $(BUILDDIR)/devhelp $$HOME/.local/share/devhelp/slabbe"
+       @echo "# devhelp"
+
+epub:
+       $(SPHINXBUILD) -b epub $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/epub
+       @echo
+       @echo "Build finished. The epub file is in $(BUILDDIR)/epub."
+
+latex:
+       $(SPHINXBUILD) -b latex $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/latex
+       @echo
+       @echo "Build finished; the LaTeX files are in $(BUILDDIR)/latex."
+       @echo "Run \`make' in that directory to run these through (pdf)latex" \
+             "(use \`make latexpdf' here to do that automatically)."
+
+latexpdf:
+       $(SPHINXBUILD) -b latex $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/latex
+       @echo "Running LaTeX files through pdflatex..."
+       $(MAKE) -C $(BUILDDIR)/latex all-pdf
+       @echo "pdflatex finished; the PDF files are in $(BUILDDIR)/latex."
+
+latexpdfja:
+       $(SPHINXBUILD) -b latex $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/latex
+       @echo "Running LaTeX files through platex and dvipdfmx..."
+       $(MAKE) -C $(BUILDDIR)/latex all-pdf-ja
+       @echo "pdflatex finished; the PDF files are in $(BUILDDIR)/latex."
+
+text:
+       $(SPHINXBUILD) -b text $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/text
+       @echo
+       @echo "Build finished. The text files are in $(BUILDDIR)/text."
+
+man:
+       $(SPHINXBUILD) -b man $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/man
+       @echo
+       @echo "Build finished. The manual pages are in $(BUILDDIR)/man."
+
+texinfo:
+       $(SPHINXBUILD) -b texinfo $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/texinfo
+       @echo
+       @echo "Build finished. The Texinfo files are in $(BUILDDIR)/texinfo."
+       @echo "Run \`make' in that directory to run these through makeinfo" \
+             "(use \`make info' here to do that automatically)."
+
+info:
+       $(SPHINXBUILD) -b texinfo $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/texinfo
+       @echo "Running Texinfo files through makeinfo..."
+       make -C $(BUILDDIR)/texinfo info
+       @echo "makeinfo finished; the Info files are in $(BUILDDIR)/texinfo."
+
+gettext:
+       $(SPHINXBUILD) -b gettext $(I18NSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/locale
+       @echo
+       @echo "Build finished. The message catalogs are in $(BUILDDIR)/locale."
+
+changes:
+       $(SPHINXBUILD) -b changes $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/changes
+       @echo
+       @echo "The overview file is in $(BUILDDIR)/changes."
+
+linkcheck:
+       $(SPHINXBUILD) -b linkcheck $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/linkcheck
+       @echo
+       @echo "Link check complete; look for any errors in the above output " \
+             "or in $(BUILDDIR)/linkcheck/output.txt."
+
+doctest:
+       $(SPHINXBUILD) -b doctest $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/doctest
+       @echo "Testing of doctests in the sources finished, look at the " \
+             "results in $(BUILDDIR)/doctest/output.txt."
+
+xml:
+       $(SPHINXBUILD) -b xml $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/xml
+       @echo
+       @echo "Build finished. The XML files are in $(BUILDDIR)/xml."
+
+pseudoxml:
+       $(SPHINXBUILD) -b pseudoxml $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/pseudoxml
+       @echo
+       @echo "Build finished. The pseudo-XML files are in $(BUILDDIR)/pseudoxml."
diff --git a/docs/source/conf.py b/docs/source/conf.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..767f625
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,351 @@
+# -*- coding: utf-8 -*-
+#
+# sample documentation build configuration file,
+# inspried by slabbe configuration file created sphinx-quickstart
+#
+# This file is execfile()d with the current directory set to its
+# containing dir.
+#
+# Note that not all possible configuration values are present in this
+# autogenerated file.
+#
+# All configuration values have a default; values that are commented out
+# serve to show the default.
+
+# General information about the project.
+project = u"DD-finite functions in Sage"
+copyright = u'2019'
+package_name = 'ajpastor'
+package_folder = "../../ajpastor"
+authors = u"Antonio Jimenez-Pastor"
+
+import sys
+import os
+
+from sage.env import SAGE_DOC_SRC, SAGE_DOC, SAGE_SRC
+
+try:
+    import sage.all
+except ImportError:
+    raise RuntimeError("to build the documentation you need to be inside a Sage shell (run first the command 'sage -sh' in a shell")
+
+
+
+# If extensions (or modules to document with autodoc) are in another directory,
+# add these directories to sys.path here. If the directory is relative to the
+# documentation root, use os.path.abspath to make it absolute, like shown here.
+sys.path.append(os.path.abspath(package_folder))
+sys.path.append(os.path.join(SAGE_SRC, "sage_setup", "docbuild", "ext"))
+
+# -- General configuration ------------------------------------------------
+
+# If your documentation needs a minimal Sphinx version, state it here.
+#needs_sphinx = '1.0'
+
+# Add any Sphinx extension module names here, as strings. They can be
+# extensions coming with Sphinx (named 'sphinx.ext.*') or your custom
+# ones.
+extensions = [
+    #'sphinx.ext.autodoc',
+    'sage_autodoc',
+    'sage_package.sphinx',
+    'sphinx.ext.doctest',
+    'sphinx.ext.coverage',
+]
+
+# Add any paths that contain templates here, relative to this directory.
+# templates_path = ['_templates']
+templates_path = [os.path.join(SAGE_DOC_SRC, 'common', 'templates'), '_templates']
+
+# The suffix of source filenames.
+source_suffix = '.rst'
+
+# The encoding of source files.
+#source_encoding = 'utf-8-sig'
+
+# The master toctree document.
+master_doc = 'index'
+
+
+
+# The version info for the project you're documenting, acts as replacement for
+# |version| and |release|, also used in various other places throughout the
+# built documents.
+#
+# The short X.Y version.
+version = open("../../VERSION").read().strip()
+# The full version, including alpha/beta/rc tags.
+release = version
+
+# The language for content autogenerated by Sphinx. Refer to documentation
+# for a list of supported languages.
+#language = None
+
+# There are two options for replacing |today|: either, you set today to some
+# non-false value, then it is used:
+#today = ''
+# Else, today_fmt is used as the format for a strftime call.
+#today_fmt = '%B %d, %Y'
+
+# List of patterns, relative to source directory, that match files and
+# directories to ignore when looking for source files.
+exclude_patterns = []
+
+# The reST default role (used for this markup: `text`) to use for all
+# documents.
+default_role = 'math'
+
+# If true, '()' will be appended to :func: etc. cross-reference text.
+#add_function_parentheses = True
+
+# If true, the current module name will be prepended to all description
+# unit titles (such as .. function::).
+#add_module_names = True
+
+# If true, sectionauthor and moduleauthor directives will be shown in the
+# output. They are ignored by default.
+#show_authors = False
+
+# The name of the Pygments (syntax highlighting) style to use.
+pygments_style = 'sphinx'
+
+# A list of ignored prefixes for module index sorting.
+#modindex_common_prefix = []
+
+# If true, keep warnings as "system message" paragraphs in the built documents.
+#keep_warnings = False
+
+pythonversion = sys.version.split(' ')[0]
+# Python and Sage trac ticket shortcuts. For example, :trac:`7549` .
+extlinks = {
+    'python': ('https://docs.python.org/release/'+pythonversion+'/%s', ''),
+    'trac': ('http://trac.sagemath.org/%s', 'trac ticket #'),
+    'wikipedia': ('https://en.wikipedia.org/wiki/%s', 'Wikipedia article '),
+    'arxiv': ('http://arxiv.org/abs/%s', 'Arxiv '),
+    'oeis': ('https://oeis.org/%s', 'OEIS sequence '),
+    'doi': ('https://dx.doi.org/%s', 'doi:'),
+    'mathscinet': ('http://www.ams.org/mathscinet-getitem?mr=%s', 'MathSciNet ')
+    }
+
+# -- Options for HTML output ----------------------------------------------
+
+# The theme to use for HTML and HTML Help pages.  See the documentation for
+# a list of builtin themes.
+html_theme = 'default'
+
+# Theme options are theme-specific and customize the look and feel of a theme
+# further.  For a list of options available for each theme, see the
+# documentation.
+html_theme_options = {}
+
+
+# Add any paths that contain custom themes here, relative to this directory.
+#html_theme_path = []
+#html_theme_path = [os.path.join(SAGE_DOC_SRC, 'common', 'themes')]
+html_theme_path = [os.path.join(SAGE_DOC_SRC, 'common', 'themes', 'sage')]
+
+# The name for this set of Sphinx documents.  If None, it defaults to
+# "<project> v<release> documentation".
+
+# A shorter title for the navigation bar.  Default is the same as html_title.
+#html_short_title = None
+
+# The name of an image file (relative to this directory) to place at the top
+# of the sidebar.
+#html_logo = None
+
+# The name of an image file (within the static path) to use as favicon of the
+# docs.  This file should be a Windows icon file (.ico) being 16x16 or 32x32
+# pixels large.
+#html_favicon = None
+
+# Add any paths that contain custom static files (such as style sheets) here,
+# relative to this directory. They are copied after the builtin static files,
+# so a file named "default.css" will overwrite the builtin "default.css".
+#html_static_path = ['_static']
+html_static_path = []
+
+# Add any extra paths that contain custom files (such as robots.txt or
+# .htaccess) here, relative to this directory. These files are copied
+# directly to the root of the documentation.
+#html_extra_path = []
+
+# If not '', a 'Last updated on:' timestamp is inserted at every page bottom,
+# using the given strftime format.
+#html_last_updated_fmt = '%b %d, %Y'
+
+# If true, SmartyPants will be used to convert quotes and dashes to
+# typographically correct entities.
+#html_use_smartypants = True
+
+# Custom sidebar templates, maps document names to template names.
+#html_sidebars = {}
+
+# Additional templates that should be rendered to pages, maps page names to
+# template names.
+#html_additional_pages = {}
+
+# If false, no module index is generated.
+#html_domain_indices = True
+
+# If false, no index is generated.
+#html_use_index = True
+
+# If true, the index is split into individual pages for each letter.
+#html_split_index = False
+
+# If true, links to the reST sources are added to the pages.
+#html_show_sourcelink = True
+
+# If true, "Created using Sphinx" is shown in the HTML footer. Default is True.
+#html_show_sphinx = True
+
+# If true, "(C) Copyright ..." is shown in the HTML footer. Default is True.
+#html_show_copyright = True
+
+# If true, an OpenSearch description file will be output, and all pages will
+# contain a <link> tag referring to it.  The value of this option must be the
+# base URL from which the finished HTML is served.
+#html_use_opensearch = ''
+
+# This is the file name suffix for HTML files (e.g. ".xhtml").
+#html_file_suffix = None
+
+# Output file base name for HTML help builder.
+htmlhelp_basename = package_name + "doc"
+
+
+# -- Options for LaTeX output ---------------------------------------------
+
+latex_elements = {
+# The paper size ('letterpaper' or 'a4paper').
+#'papersize': 'letterpaper',
+
+# The font size ('10pt', '11pt' or '12pt').
+#'pointsize': '10pt',
+
+# Additional stuff for the LaTeX preamble.
+'preamble': '',
+}
+
+# Grouping the document tree into LaTeX files. List of tuples
+# (source start file, target name, title,
+#  author, documentclass [howto, manual, or own class]).
+latex_documents = [
+  ('index', package_name + '.tex', u'Documentation of ' + unicode(package_name),
+   authors, 'manual'),
+]
+
+# The name of an image file (relative to this directory) to place at the top of
+# the title page.
+#latex_logo = None
+
+# For "manual" documents, if this is true, then toplevel headings are parts,
+# not chapters.
+#latex_use_parts = False
+
+# If true, show page references after internal links.
+#latex_show_pagerefs = False
+
+# If true, show URL addresses after external links.
+#latex_show_urls = False
+
+# Documents to append as an appendix to all manuals.
+#latex_appendices = []
+
+# If false, no module index is generated.
+#latex_domain_indices = True
+
+
+# -- Options for manual page output ---------------------------------------
+
+# One entry per manual page. List of tuples
+# (source start file, name, description, authors, manual section).
+man_pages = [
+    ('index', package_name, unicode(package_name) + u" documentation",
+     [authors], 1)
+]
+
+# If true, show URL addresses after external links.
+#man_show_urls = False
+
+
+# -- Options for Texinfo output -------------------------------------------
+
+# Grouping the document tree into Texinfo files. List of tuples
+# (source start file, target name, title, author,
+#  dir menu entry, description, category)
+texinfo_documents = [
+  ('index', package_name, unicode(package_name) + u" documentation",
+   authors, package_name, project,
+   'Miscellaneous'),
+]
+
+# Documents to append as an appendix to all manuals.
+#texinfo_appendices = []
+
+# If false, no module index is generated.
+#texinfo_domain_indices = True
+
+# How to display URL addresses: 'footnote', 'no', or 'inline'.
+#texinfo_show_urls = 'footnote'
+
+# If true, do not generate a @detailmenu in the "Top" node's menu.
+#texinfo_no_detailmenu = False
+
+# -- Options copied from Sagemath conf.py file -------------------------------
+
+# We use MathJax to build the documentation unless the environment
+# variable SAGE_DOC_MATHJAX is set to "no" or "False".  (Note that if
+# the user does not set this variable, then the script sage-env sets
+# it to "True".)
+
+if (os.environ.get('SAGE_DOC_MATHJAX', 'no') != 'no'
+            and os.environ.get('SAGE_DOC_MATHJAX', 'no') != 'False'):
+
+    extensions.append('sphinx.ext.mathjax')
+    mathjax_path = 'MathJax.js?config=TeX-AMS_HTML-full,../mathjax_sage.js'
+
+    from sage.misc.latex_macros import sage_mathjax_macros
+    # this is broken for now
+    # html_theme_options['mathjax_macros'] = sage_mathjax_macros()
+
+    from pkg_resources import Requirement, working_set
+    sagenb_path = working_set.find(Requirement.parse('sagenb')).location
+    mathjax_relative = os.path.join('sagenb','data','mathjax')
+
+    # It would be really nice if sphinx would copy the entire mathjax directory,
+    # (so we could have a _static/mathjax directory), rather than the contents of the directory
+
+    mathjax_static = os.path.join(sagenb_path, mathjax_relative)
+    html_static_path.append(mathjax_static)
+    exclude_patterns=['**/'+os.path.join(mathjax_relative, i) for i in ('docs', 'README*', 'test',
+                                                                        'unpacked', 'LICENSE')]
+else:
+     extensions.append('sphinx.ext.pngmath')
+
+# This is to make the verbatim font smaller;
+# Verbatim environment is not breaking long lines
+from sphinx.highlighting import PygmentsBridge
+from pygments.formatters.latex import LatexFormatter
+
+class CustomLatexFormatter(LatexFormatter):
+    def __init__(self, **options):
+        super(CustomLatexFormatter, self).__init__(**options)
+        self.verboptions = r"formatcom=\footnotesize"
+
+PygmentsBridge.latex_formatter = CustomLatexFormatter
+
+latex_elements['preamble'] += r'''
+% One-column index
+\makeatletter
+\renewenvironment{theindex}{
+  \chapter*{\indexname}
+  \markboth{\MakeUppercase\indexname}{\MakeUppercase\indexname}
+  \setlength{\parskip}{0.1em}
+  \relax
+  \let\item\@idxitem
+}{}
+\makeatother
+\renewcommand{\ttdefault}{txtt}
+'''
diff --git a/docs/source/ddExamples.rst b/docs/source/ddExamples.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f2e8e37
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,9 @@
+.. nodoctest
+
+DDExamples: built-in functions
+==============================
+
+.. automodule:: ajpastor.dd_functions.ddExamples
+   :members:
+   :undoc-members:
+   :show-inheritance:
diff --git a/docs/source/ddFunction.rst b/docs/source/ddFunction.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e229d4e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,9 @@
+.. nodoctest
+
+DDFunctions and DDRings
+==============================
+
+.. automodule:: ajpastor.dd_functions.ddFunction
+   :members:
+   :undoc-members:
+   :show-inheritance:
diff --git a/docs/source/index.rst b/docs/source/index.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5b38127
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,35 @@
+=============================
+DD-finite functions on Sage
+=============================
+
+This is a sample reference manual for a SageMath package.
+
+To use this module, you need to import it:: 
+
+    from sage_sample import *
+
+This reference shows a minimal example of documentation of the
+Sage sample package following SageMath guidelines.
+
+This work is licensed under a `Creative Commons Attribution-Share Alike
+3.0 License`__.
+
+__ https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/
+
+Sage Sample 
+===========
+
+.. toctree::
+   :maxdepth: 1
+
+   ddFunction
+   ddExamples
+   toDiffAlgebraic
+
+
+Indices and Tables
+==================
+
+* :ref:`genindex`
+* :ref:`modindex`
+* :ref:`search`
diff --git a/docs/source/toDiffAlgebraic.rst b/docs/source/toDiffAlgebraic.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..13577f9
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,9 @@
+.. nodoctest
+
+DDFunction to DA
+==============================
+
+.. automodule:: ajpastor.dd_functions.toDiffAlgebraic
+   :members:
+   :undoc-members:
+   :show-inheritance:
index 4ea1785..90d0eba 100644 (file)
--- a/setup.py
+++ b/setup.py
@@ -42,7 +42,12 @@ setup(
       'Programming Language :: Python :: 2.7',
     ], # classifiers list: https://pypi.python.org/pypi?%3Aaction=list_classifiers
     keywords = "holonomic SageMath dfinite",
-    packages = ["ajpastor"],
+    packages = ["ajpastor",
+        "ajpastor.dd_functions",
+        "ajpastor.operator",
+        "ajpastor.lazy",
+        "ajpastor.misc",
+        "ajpastor.tests"],
     cmdclass = {'test': SageTest}, # adding a special setup command for tests
     setup_requires   = ['sage-package'],
     install_requires = ['sage-package', 'sphinx'],