Several changes (fixing typos and starting documentation)
authorAntonio Jimenez Pastor <antonio@ebook.dk-compmath.jku.at>
Fri, 12 Jul 2019 07:29:16 +0000 (09:29 +0200)
committerAntonio Jimenez Pastor <antonio@ebook.dk-compmath.jku.at>
Fri, 12 Jul 2019 07:29:16 +0000 (09:29 +0200)
Makefile:
- Added dependency on doc to install the package before.

setup:
- Fixed the long_description property.

Documentation:
- Added documentation for some functions in ddExamples
- Started initial formal documentation for ddFunctions.py

Makefile
ajpastor/dd_functions/ddExamples.py
ajpastor/dd_functions/ddFunction.py
setup.py

index a352546..7a939a2 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -34,7 +34,7 @@ coverage:
        $(SAGE) -coverage $(PACKAGE)/*
        
 # Documentation commands
-doc:
+doc: install
        cd docs && $(SAGE) -sh -c "make html"
 
 doc-pdf:
index 9fb899a..a71ea22 100644 (file)
@@ -11,8 +11,8 @@ from ajpastor.misc.dinamic_string import *;
 
 from ajpastor.misc.exceptions import *;
 
-def ddExamples(functions = False, names=False):
-    '''
+def ddExamples_log(functions = False, names=False):
+    r'''
         Welcome to ddExamples documentation. Here we describe the functions
         available in this module. For further information on each function, 
         please access the documentation for that particular function.
@@ -53,7 +53,7 @@ def ddExamples(functions = False, names=False):
         ** HYPERGEOMETRIC FUNCTIONS (see chapters 15, 16 in https://dlmf.nist.gov)
             - HypergeometricFunction
             - GenericHypergeometricFunction
-            - Polylogarithms
+            - Polylogarithms (see section 25.12 in https://dlmf.nist.gov)
         ** RICCATI EQUATION (see https://en.wikipedia.org/wiki/Riccati_equation)
             - RiccatiD
         ** MATHIEU TYPE FUNCTIONS (see chapter 28 in https://dlmf.nist.gov)
@@ -101,19 +101,30 @@ def ddExamples(functions = False, names=False):
 ##################################################################################
 @cached_function
 def Sin(input, ddR = None):
-    '''
+    r'''
         D-finite implementation of the Sine function (sin(x)).
-        
+           
         References:
             - http://mathworld.wolfram.com/Sine.html
             - https://en.wikipedia.org/wiki/Sine
-            
+                
         This functions allows the user to fix the argument. The argument can be:
             - A symbolic expression: all variables but "x" will be considered as parameters. Must be a polynomial expression with x as a factor.
             - A polynomial: the first generator of the polynomial ring will be considered the variable to compute derivatives and the rest will be considered as parameters. The polynomial must be divisible by the main variable.
             - A DDFunction: the composition will be computed. The DDFunction must have initial value 0.
-            
+                
         This function can be converted into symbolic expressions.
+        
+        EXAMPLES::
+            sage: from ajpastor.dd_functions.ddExamples import Sin
+            sage: Sin(x).getInitialValueList(10)
+            [0, 1, 0, -1, 0, 1, 0, -1, 0, 1]
+            sage: Sin(x)[0]
+            1
+            sage: Sin(x)[1]
+            0
+            sage: Sin(x).derivative()^2 + Sin(x)^2 == 1
+            True
     '''
     if(is_DDFunction(input)):
         return Sin(x)(input);
@@ -1165,6 +1176,20 @@ def GenericHypergeometricFunction(num=[],den=[],init=1):
     
 @cached_function
 def PolylogarithmD(s=1):
+    '''
+        Implementation using DDFunctions of the Polylogarithms
+
+        References:
+            - https://en.wikipedia.org/wiki/Polylogarithm
+            - http://mathworld.wolfram.com/Polylogarithm.html
+            - https://dlmf.nist.gov/25.12
+
+        The s-Polylogarithm is the power series defined with the sequence (1/n^s) for n >= 0. It can be computed
+        recursively using and integral formula using the (s-1)-Polylogarithm.
+
+        INPUT:
+            - s: Integer and positive value. All other possible powers are not accepted so far.
+    '''
     if((not (s in ZZ)) or s < 1):
         raise ValueError("The parameter 's' must be a positive integer. Got %d" %s);
     
@@ -1813,10 +1838,42 @@ def CoulombF(m='m', l='l'):
 ################################################################################## 
 @cached_function
 def Catalan():
+    r'''
+        Implementation using DDFunctions of the generating function for Catalan numbers.
+
+        References:
+            - https://en.wikipedia.org/wiki/Catalan_number
+
+        The Catalan sequence is defined with a closed formula `c_n = binomial(2n,n)/(n+1)`. It has been widely studied 
+        and it is known that this sequence satisfies a linear recurrence:
+        $$c_{n+1+} = \sum_{i=0}^n c_i c_{n-i},$$
+        which leads to the functional equation:
+        $$C(x) = 1+ xC(x)^2,$$
+        where $C(x)$ is the ordinary generating function for the sequence $(c_n)$. This algebraic equation implies
+        that $C(x)$ is D-finite with differential equation:
+        $$(4x^2-x)C''(x) + (10x - 2)C'(x) + 2C(x) = 0.$$
+    '''
     return DFinite.element([2, 10*x-2, 4*x**2-x], [1,1]);
 
 @cached_function
-def Fibonacci(init=(1,1)):
+def Fibonacci(init=(0,1)):
+    r'''
+        Implementation using DDFunctions of the generating function for the Fibonacci sequence.
+
+        References:
+            - https://oeis.org/A000045
+            - https://en.wikipedia.org/wiki/Fibonacci_number
+
+        The Fibonacci sequence $(f_n)_n$ is defined classically with the linear recurrence
+        $$f_{n+2} = f_{n+1} + f_{n},$$
+        starting with initial values `f_0 = 0`, `f_1 = 1`. 
+
+        This linear recurrence implies that the ordinary generating function for the fibonacci sequence
+        is D-finite independently to initial conditions `f_0`, `f_1`.
+
+        This method returns the DDFunction object for the ordinary generating function for a particular
+        Fibonacci sequence provided the initial conditions `f_0` and `f_1`.
+    '''
     parent, rinit = __check_list([el for el in init], [str(el) for el in DFinite.variables()]);
     params = [str(v) for v in parent.gens()];
     pos = ord('a');
@@ -2149,4 +2206,4 @@ def __check_list(list_of_elements, invalid_vars=[]):
         parent = PolynomialRing(QQ, all_vars).fraction_field();
         list_of_elements = [parent(el) for el in list_of_elements];
     
-    return (parent, list_of_elements);
+    return (parent, list_of_elements);
\ No newline at end of file
index b627fb0..fb23363 100644 (file)
@@ -1,3 +1,36 @@
+r"""
+Python file for DD-functions and DD-rings
+
+This packages provides all the functionality for computing with Differentially Definable Functions (DD-functions) and 
+the rings they form (DD-rings). It allows to create further DD-rings, compare them and add constant parameters to the
+computations. The user can also compute several closure properties on te DD-functions such as addition, product, division
+composition, etc.
+
+EXAMPLES::
+
+    sage: from ajpastor.dd_functions import *
+    sage: DFinite
+    DD-Ring over (Univariate Polynomial Ring in x over Rational Field)
+    sage: f = DFinite.element([-1,1],[1])
+    sage: f.getInitialValueList(10) == [1]*10
+    True
+
+AUTHORS:
+
+    - Antonio Jimenez-Pastor (2016-10-01): initial version
+
+"""
+
+# ****************************************************************************
+#  Copyright (C) 2019 Antonio Jimenez-Pastor <ajpastor@risc.uni-linz.ac.at>
+#
+# This program is free software: you can redistribute it and/or modify
+# it under the terms of the GNU General Public License as published by
+# the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+# (at your option) any later version.
+#                  https://www.gnu.org/licenses/
+# ****************************************************************************
+
 
 from sage.all_cmdline import *   # import sage library
 
@@ -28,9 +61,9 @@ from ajpastor.misc.ring_w_sequence import sequence;
 #####################################################
 ### Definition of some exceptions
 #####################################################
-class DevelopementError(NotImplementedError):
-    def __init__(self, name):
-        NotImplementedError.__init__(self, "Method %s still under construction. Please be patient and wait until it is finished." %name);
+class DevelopementError(NotImplementedError):
+    def __init__(self, name):
+        NotImplementedError.__init__(self, "Method %s still under construction. Please be patient and wait until it is finished." %name);
 
 #####################################################
 ### Definition of the particular warnings we are interested to raise
@@ -62,17 +95,46 @@ def _aux_derivation(p):
 ### Class for DD-Rings
 #####################################################
 def is_DDRing(ring):
+    '''
+        Method that checks if an object is a DDRing. 
+
+        This method provides a general function to check the class of an object without knowing 
+        exactly the name of the basic class of the module. This is basically an alias for the command 
+        ``isinstance(ring, DDRing)``.
+
+        INPUT:
+            - ``ring`` -- object to be checked.
+
+        OUTPUT: True or False depending if ``ring`` is a DDRing or not.
+
+        EXAMPLES::
+
+            sage: from ajpastor.dd_functions import *;
+            sage: is_DDRing(DFinite)
+            True
+            sage: is_DDRing(DDRing(QQ))
+            True
+            sage: is_DDRing(QQ)
+            False
+
+        Also ``ParametrizedDDRing`` return True with this method::
+
+            sage: is_DDRing(ParametrizedDDRing(DFinite, ['a']))
+            True
+
+        SEE ALSO:
+            * "DDRing"
+    '''
     return isinstance(ring, DDRing);
 
 class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
     Element = None;
     
-    #_Default_Base = PolynomialRing(QQ,x);
-    _Default_Depth = 1 ;
-    _Default_Base_Field = None;
-    _Default_Invertibility = None;
-    _Default_Derivation = None;
-    _Default_Operator = None;
+    _Default_Depth = 1 ; # Default value for the depth argument in __init__
+    _Default_Base_Field = None; # Default value for the base_field argument in __init__
+    _Default_Invertibility = None; # Default value for the invertibility argument in __init__
+    _Default_Derivation = None; # Default value for the base_derivation argument in __init__
+    _Default_Operator = None; # Default value for the default_operator argument in __init__
     _Default_Parameters = [
         ("base", None),
         ("depth", _Default_Depth),
@@ -81,9 +143,9 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
         ("derivation", _Default_Derivation),
         ("default_operator", _Default_Operator)];
     
-    _CACHED_DD_RINGS = {};
+    _CACHED_DD_RINGS = {}; # Variable for cached DDRings (Unique Representation idea)
     
-    _Default_variable = 'x';
+    _Default_variable = 'x'; # Stati name for the default variable
     
     #################################################
     ### Static methods
@@ -101,15 +163,23 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
         from sage.categories.pushout import AlgebraicExtensionFunctor as algebraic;
         const_S = S.construction(); const_R = R.construction();
         
-        if(not(isinstance(const_S[0 ],algebraic) and isinstance(const_R[0 ], algebraic))):
+        ## Checking both elements are constructed as AlgebraicExtension
+        if(not(isinstance(const_S[0],algebraic) and isinstance(const_R[0], algebraic))):
+            ## If not, returning the equality operator
             return R==S;
         
-        if(const_S[1 ] != const_R[1 ]):
+        ## If the base field is different, the result is False
+        if(const_S[1] != const_R[1]):
             return False;
         
-        polys_R = const_R[0 ].polys; polys_S = const_S[0 ].polys;
-        names_R = const_R[0 ].names; names_S = const_S[0 ].names;
+        # Getting the defining polynomials of the extensions
+        polys_R = const_R[0].polys; polys_S = const_S[0].polys;
+        # Getting the names defining the new variables on the extensions
+        names_R = const_R[0].names; names_S = const_S[0].names;
         
+        # We know comapre the four lists. We do not care about the order, so 
+        # QQ(i)(sqrt(2)) == QQ(sqrt(2))(i). We check that the corresponding 
+        # polynomials defined the same name.
         if(len(polys_R) != len(polys_S)):
             return False;
         
@@ -120,30 +190,48 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
                     return False;
             except ValueError:
                 return False;
+
+        # We check all the generators of R are in the generators of S 
+        # and they have the same length. Hence they are equal
         return True;
         
     @staticmethod
     def __get_gens__(parent):
+        '''
+            Static method that retrieves the complete list of a Parent object until the method gens returns nothing or `1`.
+
+            This method is particularly focused on Algebraic extensions, Polynomial extenstions and Fraction Fields.
+        '''
         from sage.categories.pushout import AlgebraicExtensionFunctor as algebraic;
         from sage.categories.pushout import PolynomialFunctor as polynomial;
         from sage.categories.pushout import MultiPolynomialFunctor as multi_polynomial;
         from sage.categories.pushout import FractionField as fraction;
         
+        # We start from the current parent and go step by step in its construction getting
+        # all the generators
         current = parent; 
+
+        # Checking the parent object is a constructed object
         try:
             const = parent.construction(); 
         except AttributeError:
             raise RuntimeError("Impossible to get construction of %s" %parent);
+
+        # Getting the generators of the current element
         gens = [el for el in parent.gens()];
         
+        # The result will distinguish between algebraic extensions, polynomial extenstions and other type of generators.
         res = {'algebraic' : [], 'polynomial': [], 'other' : []};
         
+        # We start the main loop
         while((not(const is None)) and (not (1  in gens))):
-            if(isinstance(current, DDRing) or isinstance(const[0 ], polynomial) or isinstance(const[0 ], multi_polynomial)):
+            # If the last construction is DDRing or polynomial, we add the generators as polynomial generators
+            if(isinstance(current, DDRing) or isinstance(const[0], polynomial) or isinstance(const[0], multi_polynomial)):
                 res['polynomial'] += list(current.gens());
-            elif(isinstance(const[0 ], algebraic)):
-                for i in range(len(const[0 ].polys)):
-                    name = const[0 ].names[i];
+            # If the construction is an algebraic extension, we add the generators as algebraic generators
+            elif(isinstance(const[0], algebraic)):
+                for i in range(len(const[0].polys)):
+                    name = const[0].names[i];
                     found = None;
                     for gen in current.gens():
                         if(current(name) == gen):
@@ -151,15 +239,19 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
                             break;
                     if(found is None):
                         raise TypeError("Impossible error: no generator for a name!!");
-                    res['algebraic'] += [(found, const[0 ].polys[i], const[1 ])];
-            elif(not isinstance(const[0 ], fraction)):
+                    # Algebraic generators are store with defining polynomial + algebraic functor
+                    res['algebraic'] += [(found, const[0].polys[i], const[1])];
+            # Otherwise we get all the generators skipping the FractionField construction
+            elif(not isinstance(const[0], fraction)):
                 res['other'] += list(current.gens());
                 
-            current = const[1 ];
+            current = const[1];
             const = current.construction();
             
-        ## Cleaning "1" from the result
-        ## Put everything as tuples
+        # At this point we have all the generators (including maybe a 1) splitted in the type of extension
+
+        # Cleaning "1" from the result
+        # Put everything as tuples
         try:
             if(1  in res['algebraic']):
                 raise TypeError("1 is a generator of an algebraic extension");
@@ -172,7 +264,9 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
             res['other'] = tuple(set(res['other']));
         except TypeError:
             raise RuntimeError("Non hashable object found");
-            
+        
+
+        # Returning the basic parent structure and the list and types of generators    
         return res, current;
         
     #################################################
@@ -180,29 +274,36 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
     #################################################
     @staticmethod
     def __classcall__(cls, *args, **kwds):
+        '''
+            Particular builder for DDRings. 
+
+            This method do a special checking of uniqueness for two DDRings. It maps all the arguments provided by the user
+            and transform them into a standard notation that will be hashable and will allow the system to recognize two
+            exact DDRings.
+        '''
         final_args = [];
                 
         ## We first compile the parameters the user send
         current = 0 ;
-        if(len(args) != 1  or args[0 ] != None):
+        if(len(args) != 1  or args[0] != None):
             for i in range(len(args)):
-                final_args += [[DDRing._Default_Parameters[i][0 ], args[i]]];
+                final_args += [[DDRing._Default_Parameters[i][0], args[i]]];
             current = len(args);
         
         for i in range(max(1,current), len(DDRing._Default_Parameters)):
-            final_args += [[DDRing._Default_Parameters[i][0 ], kwds.get(DDRing._Default_Parameters[i][0 ],DDRing._Default_Parameters[i][1 ])]];
+            final_args += [[DDRing._Default_Parameters[i][0], kwds.get(DDRing._Default_Parameters[i][0],DDRing._Default_Parameters[i][1])]];
             
         ## Managing the depth over DDRings
-        if(isinstance(final_args[0 ][1 ], DDRing)):
-            final_args[1 ][1 ] = final_args[1 ][1 ]+final_args[0 ][1 ].depth();
-            final_args[0 ][1 ] = final_args[0 ][1 ]._DDRing__original;
+        if(isinstance(final_args[0][1], DDRing)):
+            final_args[1][1] = final_args[1][1]+final_args[0][1].depth();
+            final_args[0][1] = final_args[0][1]._DDRing__original;
             
         ## Casting to tuple (so is hashable)
-        to_hash = tuple(tuple(el) for el in final_args[:2 ]);
+        to_hash = tuple(tuple(el) for el in final_args[:2]);
         final_args = tuple(tuple(el) for el in final_args);
         
-        if(final_args[1 ][1 ] == 0 ):
-            return final_args[0 ][1 ];
+        if(final_args[1][1] == 0 ):
+            return final_args[0][1];
             
         if(not cls in DDRing._CACHED_DD_RINGS):
             DDRing._CACHED_DD_RINGS[cls] = {};
@@ -215,12 +316,38 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
     
     def __init__(self, base, depth = _Default_Depth, base_field = _Default_Base_Field, invertibility = _Default_Invertibility, derivation = _Default_Derivation, default_operator = _Default_Operator):
         '''
-            Class representing the Ring of Differentially Definable Functions with coefficients over a base ring. It can be built using different parameter configurations:
-                - ``base``: is the ring where the coefficients of the differential equation will be. It is set by default as `\mathbb{Q}[x]`.
-                - ``invertibility``: a function to decide if the argument is a unit in the ring we are building.
-                - ``derivation``: a function to derivate elements in the coefficients ring.
+            Class for Differentially Definable Rings (or DDRing).
+
+            This class represents the Ring of Differentially Definable Functions with coefficients over a base ring. This rings contains all the functions
+            (formal power series) that satisfy a linear differential equation with coefficients in a base ring.
+
+            INPUT::
+                - ``base`` -- an integral domain. Will provide the coefficients for the differential equations.
+                - ``depth`` -- positive integer. Points how many iterations of this construction we want.
+                - ``base_field`` -- a field. The elements of ``self`` will be formal power series over this field.
+                - ``invertibility`` -- method. This method checks if an element of ``base`` is invertible or not.
+                - ``derivation`` -- method. This method computes the derivative of elements in ``base``.
+                - ``default_operator`` -- class. Class inheriting from ``ajpastor.operator.Operator`` for the differential equations.
+
+            More formally, ``(base,derivation)`` is a Differential Integral Domain and ``(self, self.derivative)`` a Differential Extension.
+
+            Note that this objects are unique, so calling the constructor with the same arguments retrieve the same object.
+
+            EXAMPLES::
+
+                sage: from ajpastor.dd_functions import *;
+                sage: DDRing(QQ)
+                DD-Ring over (Rational Field)
+                sage: DDRing(QQ) is DDRing(QQ)
+                True
                 
-            More formally, ``(base,derivation)`` should be a Differential Ring and the result (represented by this class) will be another Differential Ring which extends the original.
+            We can iterate the process using an iterative call of the constructor or the ``depth`` argument::
+
+                sage: DDRing(QQ, depth=2)
+                DD-Ring over (DD-Ring over (Rational Field))
+                sage: DDRing(QQ, depth=2) is DDRing(DDRing(QQ))
+                True
+
         '''
         ## Other attributes initialization
         self.__variables = None;
@@ -256,8 +383,8 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
                     from sage.categories.pushout import PolynomialFunctor, FractionField;
                     current = base;
                     const = base.construction();
-                    while((not (const is None)) and (isinstance(const[0 ], PolynomialFunctor) or isinstance(const[0 ],FractionField))):
-                        current = const[1 ];
+                    while((not (const is None)) and (isinstance(const[0], PolynomialFunctor) or isinstance(const[0],FractionField))):
+                        current = const[1];
                         const = current.construction();
                         
                     if(not current.is_field()):
@@ -274,7 +401,7 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
             ### Saving the invertibility criteria
             if(invertibility is None):
                 try:
-                    self_var = self.variables(True,False)[0 ];
+                    self_var = self.variables(True,False)[0];
                     self.base_inversionCriteria = lambda p : p(**{self_var : 0 }) == 0 ;
                 except IndexError:
                     self.base_inversionCriteria = lambda p : self.base()(p)==0 ;
@@ -284,7 +411,7 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
             ### Saving the base derivation
             if(derivation is None):
                 try:
-                    self_var = self.variables(True,False)[0 ];
+                    self_var = self.variables(True,False)[0];
                     self.base_derivation = lambda p : p.derivative(self.base()(self_var));
                 except IndexError:
                     self.base_derivation = lambda p : 0 ;
@@ -343,7 +470,7 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
             looking = gens_S['algebraic'][i];
             found = False;
             for el in gens_self['algebraic']:
-                if(el[1 ] == looking[1 ] and str(el[0 ]) == str(looking[0 ])):
+                if(el[1] == looking[1] and str(el[0]) == str(looking[0])):
                     found = True;
                     break;
             if(not found):
@@ -358,6 +485,11 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
             return S.depth() <= self.depth();
         
     def __is_polynomial(self, S):
+        '''
+            Method that checks if an object is a polynomial ring. 
+
+            This method checks if any object is either a Univariate Polynomial ring or a Multivariate Polynomial ring
+        '''
         from sage.rings.polynomial.polynomial_ring import is_PolynomialRing as isUniPolynomial;
         from sage.rings.polynomial.multi_polynomial_ring import is_MPolynomialRing as isMPolynomial;
         
@@ -421,12 +553,12 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
             F = F.fraction_field();
             
         ## Extending the field with algebraic extensions
-        polys = {str(el[0 ]):el[1 ] for el in gens_self['algebraic']}
+        polys = {str(el[0]):el[1] for el in gens_self['algebraic']}
         for el in gens_S['algebraic']:
-            if(polys.get(str(el[0 ]), el[1 ]) != el[1 ]):
+            if(polys.get(str(el[0]), el[1]) != el[1]):
                 return None;
-                #raise TypeError("Incompatible names in algebraic extensions:\n\t- %s\n\t- %s" %(el,(el[0 ],polys[str(el[0 ])])));
-            polys[str(el[0 ])] = el[1 ];
+                #raise TypeError("Incompatible names in algebraic extensions:\n\t- %s\n\t- %s" %(el,(el[0],polys[str(el[0])])));
+            polys[str(el[0])] = el[1];
             
         sorted_names = sorted(polys);
         sorted_polys = [polys[el] for el in sorted_names];
@@ -459,18 +591,26 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
         return R;
         
     def _has_coerce_map_from(self, S):
+        '''
+            Standard implementation for ``_has_coerce_map_from``
+        '''
         coer =  self._coerce_map_from_(S);
         return (not(coer is False) and not(coer is None));
         
     def _element_constructor_(self, *args, **kwds):
+        '''
+            Implementation of _element_onstructor_.
+
+            This method describes how to interpret the arguments that a DDRing can received to cast one element to a DDFunction in ``self``.
+        '''
         el_class = self.element_class;
         if(len(args) < 1 ):
             raise ValueError("Impossible to build a lazy element without arguments");
         
-        if(args[0 ] is self):
-            X = args[1 ];
+        if(args[0] is self):
+            X = args[1];
         else:
-            X = args[0 ];
+            X = args[0];
            
         try:
             if(isinstance(X, DDFunction)):
@@ -508,7 +648,7 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
                     return el.change_init_values([sequence(X,i)*factorial(i) for i in range(el.equation.get_jp_fo()+1 )], name=name);
                 except AttributeError:
                     try:
-                        return self.element([1 ],[], self.base()(X), name=str(X));
+                        return self.element([1],[], self.base()(X), name=str(X));
                     except Exception:
                         print "WHAT??";
                         return self(str(element));
@@ -516,6 +656,15 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
             raise TypeError("Cannot cast an element to a DD-Function of (%s):\n\tElement: %s (%s)\n\tReason: %s" %(self, X, type(X), e));
             
     def gens(self):
+        '''
+            Implementation of the method ``gens``.
+
+            This method returns a list with all the generators of the ``DDRing``. This usually means nothing, although some ``DDRing`` can 
+            retrieve some special variables or its parameter as genertors.
+
+            OUTPUT::
+                List of generators provided by this ``DDRing``.
+        '''
         return ();
     
     def ngens(self):
@@ -659,14 +808,14 @@ class DDRing (Ring_w_Sequence, IntegralDomain):
         element = self(element);
             
         rx = X;
-        self_var = str(self.variables(True)[0 ]);
+        self_var = str(self.variables(True)[0]);
         if((rx is None) and (self_var in input)):
             rx = input.pop(self_var);
         if not (rx is None):
             if(rx == 0 ):
                 return element.getInitialValue(0 );
             elif(rx in self.base_field):
-                return element.numerical_solution(rx,**input)[0 ];
+                return element.numerical_solution(rx,**input)[0];
             try:
                 return element.compose(rx);
             except ValueError:
@@ -752,9 +901,9 @@ class ParametrizedDDRing(DDRing):
     @staticmethod
     def __classcall__(cls, *args, **kwds):
         ## In order to call the __classcall__ of DDRing we treat the arguments received
-        base_ddRing = args[0 ]; 
+        base_ddRing = args[0]; 
         if(len(args) > 1 ):
-            parameters = args[1 ];
+            parameters = args[1];
         else:
             parameters = kwds.get('parameters',None);
         names = kwds.get('names',None);
@@ -791,21 +940,21 @@ class ParametrizedDDRing(DDRing):
         base_field = base_ddRing.base_field;
         constructions = [base_ddRing.construction()]; # Here is the DD-Ring operator
             
-        while(constructions[-1 ][1 ] != base_field):
-            constructions += [constructions[-1 ][1 ].construction()];
+        while(constructions[-1][1] != base_field):
+            constructions += [constructions[-1][1].construction()];
              
         new_basic_field = PolynomialRing(base_field, parameters).fraction_field();  
         current = new_basic_field;
         for i in range(1 ,len(constructions)):
-            current = constructions[-i][0 ](current);
+            current = constructions[-i][0](current);
             
-        if(constructions[0 ][0 ].depth() > 1 ):
-            base_ring = ParametrizedDDRing(DDRing(base_ddRing.original_ring(),depth=constructions[0 ][0 ].depth()-1 ), parameters);
+        if(constructions[0][0].depth() > 1 ):
+            base_ring = ParametrizedDDRing(DDRing(base_ddRing.original_ring(),depth=constructions[0][0].depth()-1 ), parameters);
             ring = DDRing.__classcall__(cls, base_ring, 1 , base_field = new_basic_field, default_operator = base_ddRing.default_operator);
             Ring_w_Sequence.__init__(ring, base_ring, method = lambda p,n : ring(p).getSequenceElement(n));
             IntegralDomain.__init__(ring, base_ring, category=IntegralDomains());
         else:
-            ring = DDRing.__classcall__(cls, current, depth = constructions[0 ][0 ].depth(), base_field = new_basic_field, default_operator = base_ddRing.default_operator);
+            ring = DDRing.__classcall__(cls, current, depth = constructions[0][0].depth(), base_field = new_basic_field, default_operator = base_ddRing.default_operator);
             
         ring.__init__(base_ddRing, parameters);
         return ring;
@@ -846,7 +995,7 @@ class ParametrizedDDRing(DDRing):
         return self.__baseDDRing;
         
     def _repr_(self):
-        res = "(%s" %str(self.parameters()[0 ]);
+        res = "(%s" %str(self.parameters()[0]);
         for i in range(1 ,len(self.parameters())):
             res += ", " + str(self.parameters()[i]);
         res += ")";
@@ -891,7 +1040,7 @@ class ParametrizedDDRing(DDRing):
     # Override eval method from DDRing
     def eval(self, element, X=None, **input):
         rx = X;
-        self_var = str(self.variables(True)[0 ]);
+        self_var = str(self.variables(True)[0]);
         if(X is None and self_var in input):
             rx = input.pop(self_var);
         ### If X is not None, then we evaluate the variable of the ring
@@ -975,8 +1124,8 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
                 for el in init_values:
                     if (not el == 0 ):
                         raise ValueError("Incompatible equation (%s) and initial values (%s)" %(input, init_values));
-                init = [0 ];
-                equation = [0 ,1 ];
+                init = [0];
+                equation = [0 ,1];
                 inhom = 0 ;
         else:
             equation = input;
@@ -1272,7 +1421,7 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
         if(self.getOrder() == 0 ):
             raise ZeroDivisionError("Impossible to invert the zero function");
         elif(self.getOrder() == 1 ):
-            return self.parent().element([-coeffs[0 ],coeffs[1 ]], [1 /self.getInitialValue(0 )], check_init=False, name=newName);
+            return self.parent().element([-coeffs[0],coeffs[1]], [1 /self.getInitialValue(0 )], check_init=False, name=newName);
         else:
             newDDRing = DDRing(self.parent());
             return newDDRing.element([self.derivative(), self], [1 /self.getInitialValue(0 )], check_init=False, name=newName);
@@ -1297,7 +1446,7 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
         ### Computing the new name
         newName = None;
         if(not(self.__name is None) and (not(other.__name is None))):
-            if(other.__name[0 ] == '-'):
+            if(other.__name[0] == '-'):
                 newName = DinamicString("_1_2", [self.__name, other.__name]); 
             else:
                 newName = DinamicString("_1+_2", [self.__name, other.__name]); 
@@ -1308,7 +1457,7 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
             result = None;
             if(self.is_constant and other.is_constant):
                 parent = self.parent();
-                newOperator = [0 ,1 ];
+                newOperator = [0 ,1];
                 newInit = [self(0 )+other(0 )];
                 result = parent.element(newOperator, newInit, check_init = False, name=newName);
             elif(other.is_constant):
@@ -1369,7 +1518,7 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
             result = None;
             if(self.is_constant and other.is_constant):
                 parent = self.parent();
-                newOperator = [0 ,1 ];
+                newOperator = [0 ,1];
                 newInit = [self(0 )-other(0 )];
                 result = parent.element(newOperator, newInit, check_init = False, name=newName);
             elif(other.is_constant):
@@ -1503,7 +1652,7 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
             while(self.getInitialValue(n) == 0 ):
                 n = n+1 ;
                 
-            X = self.parent().variables()[0 ];
+            X = self.parent().variables()[0];
             if(n == 0 ):
                 return (0 ,self);
             else:
@@ -1547,8 +1696,8 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
         s_ze = self.zero_extraction;
         o_ze = other.zero_extraction;
         
-        if(s_ze[0 ] >= o_ze[0 ]):
-            result = self.parent()(x)**(s_ze[0 ]-o_ze[0 ])*(s_ze[1 ]*o_ze[1 ].inverse);
+        if(s_ze[0] >= o_ze[0]):
+            result = self.parent()(x)**(s_ze[0]-o_ze[0])*(s_ze[1]*o_ze[1].inverse);
             
             ### Computing the new name
             newName=None;
@@ -1558,7 +1707,7 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
             result.__name = newName;
             return result;
         else:
-            raise ValueError("Impossible perform a division if the x factor of the denominator (%d) is greater than in the numerator (%d)"%(o_ze[0 ],s_ze[0 ]));
+            raise ValueError("Impossible perform a division if the x factor of the denominator (%d) is greater than in the numerator (%d)"%(o_ze[0],s_ze[0]));
             
     def gcd(self, other):
         if(other in self.parent()):
@@ -1574,12 +1723,12 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
         if(self == other):
             return self;
             
-        X = self.parent().variables()[0 ];
+        X = self.parent().variables()[0];
         
         se = self.zero_extraction;
         oe = other.zero_extraction;
         
-        return self.parent()(X**min(se[0 ],oe[0 ])*gcd(se[1 ].getInitialValue(0 ),oe[1 ].getInitialValue(0 )));
+        return self.parent()(X**min(se[0],oe[0])*gcd(se[1].getInitialValue(0 ),oe[1].getInitialValue(0 )));
     
     #####################################
     ### Sequence methods
@@ -1673,12 +1822,12 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
             
                 ### We get the required initial values (depending of the order of the next derivative)
                 initList = self.getInitialValueList(newOperator.get_jp_fo()+2 );
-                newInit = [initList[i+1 ] for i in range(min(len(initList)-1 ,newOperator.get_jp_fo()+1 ))];
+                newInit = [initList[i+1] for i in range(min(len(initList)-1 ,newOperator.get_jp_fo()+1 ))];
                 
                 ### Computing the new name
                 newName = None;
                 if(not(self.__name is None)):
-                    if(self.__name[-1 ] == "'"):
+                    if(self.__name[-1] == "'"):
                         newName = DinamicString("_1'", self.__name);
                     else:
                         newName = DinamicString("(_1)'", self.__name); 
@@ -1749,7 +1898,7 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
             
         ## If we have the basic function we return the same element
         ## Also, if self is a constant, the composition is again the constant
-        self_var = self.parent().variables(True)[0 ];
+        self_var = self.parent().variables(True)[0];
         if(self_var == other or self.is_constant):
             return self;
             
@@ -1801,9 +1950,9 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
         try:
             init_g = g.getInitialValueList(required);
         except AttributeError:
-            init_g = [0 ] + [factorial(n)*new_equation.base().sequence(g,n) for n in range(1 ,required)];
+            init_g = [0] + [factorial(n)*new_equation.base().sequence(g,n) for n in range(1 ,required)];
         ## Computing the new initial values
-        new_init = [init_f[0 ]]+[sum([init_f[j]*bell_polynomial(i,j)(*init_g[1 :i-j+2 ]) for j in range(1 ,i+1 )]) for i in range(1 ,min(len(init_f), len(init_g), required))]; ## See Faa di Bruno's formula
+        new_init = [init_f[0]]+[sum([init_f[j]*bell_polynomial(i,j)(*init_g[1 :i-j+2]) for j in range(1 ,i+1 )]) for i in range(1 ,min(len(init_f), len(init_g), required))]; ## See Faa di Bruno's formula
         
         
         ######################################
@@ -1917,7 +2066,7 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
         ## Test zero and if not, check if a constant can be solution
         try:
             if(not self.is_null):
-                return self.equation[0 ] == 0  and all(self.getInitialValue(i) == 0  for i in range(1 , self.equation.get_jp_fo()+1 ));
+                return self.equation[0] == 0  and all(self.getInitialValue(i) == 0  for i in range(1 , self.equation.get_jp_fo()+1 ));
             return True;
         except TypeError:
             return False;
@@ -2001,7 +2150,7 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
     def numerical_solution(self, value, delta=RealNumber('1e-10'), max_depth=100 ):
         try:
             ## We try to delegate the computation to the operator (in case of OreOperators)
-            if(self.equation.getCoefficients()[-1 ](0 ) != 0 ):
+            if(self.equation.getCoefficients()[-1](0 ) != 0 ):
                 sol = self.equation.operator.numerical_solution(self.getSequenceList(self.getOrder()), [0 ,value],delta);
                 return sol.center(), sol.diameter();
             else:
@@ -2360,7 +2509,7 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
             res = "%s %s in %s:\n" %(self.__critical_numbers__(),repr(self),self.parent());
         else:
             res = "%s" %(repr(self));
-            if(res[0 ] != '('):
+            if(res[0] != '('):
                 res += " in %s" %(self.parent());
             res += ":\n";
         res += '-------------------------------------------------\n\t';
@@ -2411,7 +2560,7 @@ class DDFunction (IntegralDomainElement):
         elif(is_negative):
             res += '- ';
             if(string[1] == '(' and self.__matching_par__(string,1) == len(string)-1):
-                string = string[2 :-1 ];
+                string = string[2 :-1];
             else:
                 string = string[1 :];
         else:
@@ -2781,221 +2930,221 @@ def _m_indices(string, *seps):
 def _m_replace(string, to_replace, escape=("(",")")):
     ## Checking if ther are scape characters
     if(not escape is None):
-        pos_init = string.find(escape[0 ]);
+        pos_init = string.find(escape[0]);
         if(pos_init >= 0 ):
             ## Escape initial character found, skipping outside the escape
             pos_end = len(string);
-            pos_end = string.rfind(escape[1 ]);
+            pos_end = string.rfind(escape[1]);
             if(pos_end <= pos_init):
                 pos_end = len(string);
                 
-            return string[:pos_init+1 ] + _m_replace(string[pos_init+1 :pos_end], to_replace, None) + string[pos_end:];
+            return string[:pos_init+1] + _m_replace(string[pos_init+1 :pos_end], to_replace, None) + string[pos_end:];
     
     ## No escape characters: doing normal computation
     all_index = _m_indices(string, *to_replace.keys());
     res = ""; current_index = 0 ;
     for el in all_index:
-        res += string[current_index:el[0 ]] + to_replace[el[1 ]];
-        current_index = el[0 ]+len(el[1 ]);
+        res += string[current_index:el[0]] + to_replace[el[1]];
+        current_index = el[0]+len(el[1]);
     res += string[current_index:]
     return res;
     
-def _get_equation_poly(poly, dic):  
-    '''
-        Method that computes the differential equation that the evaluation 
-        of a polynomial over some functions satisfies.
-        
-        This procedure has 5 main steps:
-            (1) Compute a vector space $W$ generated by a vector of generators $(g1,...,gk)$
-            (2) Compute a derivation matrix $D$ for $W$ w.r.t. the generators
-            (3) Compute a initial vector $v_0$ that represents poly in $W$.
-            (4) Compute the ansatz system $S$
-            (5) Solve the ansatz system
-            
-        The steps (1), (2), (3) can be done simultaneously in the method _get_derivation_matrix(poly,dic).
-        The step (4) use the inductive formula $v_{i+1} = Dv_i + \partial v_i$. Then $S = (v0 | v1 | ...)$.
-        The step (5) will be done using Bareiss Algorithm.
-    '''
-    ### Steps (1)-(3)
-    D, v0 = _get_derivation_matrix(poly, dic);
+def _get_equation_poly(poly, dic):  
+    '''
+        Method that computes the differential equation that the evaluation 
+        of a polynomial over some functions satisfies.
+        
+        This procedure has 5 main steps:
+            (1) Compute a vector space $W$ generated by a vector of generators $(g1,...,gk)$
+            (2) Compute a derivation matrix $D$ for $W$ w.r.t. the generators
+            (3) Compute a initial vector $v_0$ that represents poly in $W$.
+            (4) Compute the ansatz system $S$
+            (5) Solve the ansatz system
+            
+        The steps (1), (2), (3) can be done simultaneously in the method _get_derivation_matrix(poly,dic).
+        The step (4) use the inductive formula $v_{i+1} = Dv_i + \partial v_i$. Then $S = (v0 | v1 | ...)$.
+        The step (5) will be done using Bareiss Algorithm.
+    '''
+    ### Steps (1)-(3)
+    D, v0 = _get_derivation_matrix(poly, dic);
     
-    ### Step 4
-    R = D[0][0].parent();
-    if(sage.rings.fraction_field.is_FractionField(R)):
-        R = R.base();
-    F = R.fraction_field();
+    ### Step 4
+    R = D[0][0].parent();
+    if(sage.rings.fraction_field.is_FractionField(R)):
+        R = R.base();
+    F = R.fraction_field();
     
-    v = [v0];
-    for i in range(D.nrows()):
-        v += [D*v[-1] + vector(F, [el.derivative() for el in v[-1]])];
+    v = [v0];
+    for i in range(D.nrows()):
+        v += [D*v[-1] + vector(F, [el.derivative() for el in v[-1]])];
         
-    S = Matrix(F, v).transpose();
+    S = Matrix(F, v).transpose();
     
-    ### Step 5
-    ## TODO We rely on the system solver of the operator of the functions we are 
-    ## plug-in to the polynomial.
-    solution = dic.keys()[0].equation._get_element_nullspace(S);
+    ### Step 5
+    ## TODO We rely on the system solver of the operator of the functions we are 
+    ## plug-in to the polynomial.
+    solution = dic.keys()[0].equation._get_element_nullspace(S);
     
-    ## We create the final operator
-    return dic.keys()[0].parent().element([el for el in solution]).equation;
+    ## We create the final operator
+    return dic.keys()[0].parent().element([el for el in solution]).equation;
 
-def _get_derivation_matrix(poly, dic, simpl = False):
-    '''
-        Method that computes the derivation matrix of a vector space that
-        contains the vector space generated by the evaluation of poly
-        using the dictionary dic and a vector that represent poly into 
-        that vector space.
-        
-        
-        This method has a recursive structure:
-            - If for any key in dic, dic[key][i] appears in poly for i > 0,
-            then we simplify the polynomial so it only contains the variables
-            dic[key][0]. We return the matrix obtained with that polyomial and 
-            the associated vector.
-            - If poly has multiple terms, we return the direct sum of the matrices
-            for each term and the direct sum of the vectors.
-            - If poly is a monomial with multiple variables, we return the Kronecker
-            sum of the matrices of the result and the tensor product of the vectors.
-            - If poly is a monomial with just one variable, we compute the
-            Kronecker sum of the companion matrix associated with the function
-            related with that variable degree times and return the vector (1,0,...,0).
-        
-        WARNING:
-            - The argument simpl must never be called with True but within this method
-            - The very base case can be improve using the fact that we are computing
-            the power of an element.
-    '''
-    ## Simplification step
-    #if(not simpl):
-    #    non_simple = sum([dic[key][1:] for key in dic], []);
-    #    if(any(var in poly.variables() for var in non_simple)):
-    #        to_eval = {}
-    #        for key in dic:
-    #            current = dic[key];
-    #            for i in range(1,len(current)):
-    #                to_eval[str(current[i])] = current[0];
-    #        D, v = _get_derivation_matrix(poly(**to_eval, dic, simpl=True);
-    #        ## TODO
-    #        raise DevelopementError("_get_derivation_matrix");
+def _get_derivation_matrix(poly, dic, simpl = False):
+    '''
+        Method that computes the derivation matrix of a vector space that
+        contains the vector space generated by the evaluation of poly
+        using the dictionary dic and a vector that represent poly into 
+        that vector space.
+        
+        
+        This method has a recursive structure:
+            - If for any key in dic, dic[key][i] appears in poly for i > 0,
+            then we simplify the polynomial so it only contains the variables
+            dic[key][0]. We return the matrix obtained with that polyomial and 
+            the associated vector.
+            - If poly has multiple terms, we return the direct sum of the matrices
+            for each term and the direct sum of the vectors.
+            - If poly is a monomial with multiple variables, we return the Kronecker
+            sum of the matrices of the result and the tensor product of the vectors.
+            - If poly is a monomial with just one variable, we compute the
+            Kronecker sum of the companion matrix associated with the function
+            related with that variable degree times and return the vector (1,0,...,0).
+        
+        WARNING:
+            - The argument simpl must never be called with True but within this method
+            - The very base case can be improve using the fact that we are computing
+            the power of an element.
+    '''
+    ## Simplification step
+    #if(not simpl):
+    #    non_simple = sum([dic[key][1:] for key in dic], []);
+    #    if(any(var in poly.variables() for var in non_simple)):
+    #        to_eval = {}
+    #        for key in dic:
+    #            current = dic[key];
+    #            for i in range(1,len(current)):
+    #                to_eval[str(current[i])] = current[0];
+    #        D, v = _get_derivation_matrix(poly(**to_eval, dic, simpl=True);
+    #        ## TODO
+    #        raise DevelopementError("_get_derivation_matrix");
     
-    ## From this point on, we can assume only simplified polynomials appears
-    ## Case non-monomial
-    if(not poly.is_monomial()):
-        coeffs = poly.coefficients();
-        sols = [_get_derivation_matrix(mon, dic, simpl=True) for mon in poly.monomials()];
-        D = Matrix.block_diagonal(*[sol[1] for sol in sols]);
-        v = vector(D[0][0].parent(), sum([[coeffs[i]*el for el in sols[i][2]] for i in range(len(sols))], []))
-        
-        return D,v;
-    ## More than one variable
-    elif(len(poly.variables()) > 1):
-        var = poly.variables()[0];
-        deg = poly.degree(var);
-        oth = poly.parent()(poly/(var**deg));
-        
-        D1,v1 = _get_derivation_matrix(var**deg, dic);
-        D2,v2 = _get_derivation_matrix(oth, dic);
-        
-        D = ajpastor.misc.Matrix.kronecker_sum(D1, D2);
-        v = vector(v1.parent().base(), sum(([el for el in row] for row in v1.tensor_product(v2)), []));
-        
-        return D,v;
-    ## A power of a variable (using Faa di Bruno's formula)
-    elif(len(poly.variables()) == 1):
-        var = poly.variables()[0];
-        deg = poly.degree();
-        ## Getting the function and the offset for the initial values
-        func = None;
-        for key in dic.keys():
-            if(var in dic[key]):
-                func = key;
-                offset = dic[key].index(var);
-                break;
-        ## Checking the variable can be easily represent
-        if(offset > func.getOrder()):
-            raise DevelopementError("_get_derivation_matrix");
-        ## TODO Go on from here
+    ## From this point on, we can assume only simplified polynomials appears
+    ## Case non-monomial
+    if(not poly.is_monomial()):
+        coeffs = poly.coefficients();
+        sols = [_get_derivation_matrix(mon, dic, simpl=True) for mon in poly.monomials()];
+        D = Matrix.block_diagonal(*[sol[1] for sol in sols]);
+        v = vector(D[0][0].parent(), sum([[coeffs[i]*el for el in sols[i][2]] for i in range(len(sols))], []))
+        
+        return D,v;
+    ## More than one variable
+    elif(len(poly.variables()) > 1):
+        var = poly.variables()[0];
+        deg = poly.degree(var);
+        oth = poly.parent()(poly/(var**deg));
+        
+        D1,v1 = _get_derivation_matrix(var**deg, dic);
+        D2,v2 = _get_derivation_matrix(oth, dic);
+        
+        D = ajpastor.misc.Matrix.kronecker_sum(D1, D2);
+        v = vector(v1.parent().base(), sum(([el for el in row] for row in v1.tensor_product(v2)), []));
+        
+        return D,v;
+    ## A power of a variable (using Faa di Bruno's formula)
+    elif(len(poly.variables()) == 1):
+        var = poly.variables()[0];
+        deg = poly.degree();
+        ## Getting the function and the offset for the initial values
+        func = None;
+        for key in dic.keys():
+            if(var in dic[key]):
+                func = key;
+                offset = dic[key].index(var);
+                break;
+        ## Checking the variable can be easily represent
+        if(offset > func.getOrder()):
+            raise DevelopementError("_get_derivation_matrix");
+        ## TODO Go on from here
         
     
-    raise DevelopementError("_get_derivation_matrix");
+    raise DevelopementError("_get_derivation_matrix");
 
-## TODO Saved function from the console
-def get_sequences(a,b):
-    M = [[tensor_power(get_vector_prime(n+1),i+1) for i in range(a)] for n in range(b)]
-    return [[[list(M[i][j]).index(k**(j+1))+1 for k in [1] + [el for el in primes_first_n(i)]] for j in range(5)] for i in range(5)];
+# ## TODO Saved function from the console
+def get_sequences(a,b):
+    M = [[tensor_power(get_vector_prime(n+1),i+1) for i in range(a)] for n in range(b)]
+    return [[[list(M[i][j]).index(k**(j+1))+1 for k in [1] + [el for el in primes_first_n(i)]] for j in range(5)] for i in range(5)];
 
     
-__CACHED_INIT_POLY = {};
-def _get_initial_poly(poly, dic, m):    
-    '''
-        Method that computes the ith initial value of the polynomial
-        given when evaluated using the dictionary dic.
-    '''
-    ## Constant case
-    if(poly.is_constant()):
-        if(m > 0):
-            return 0;
-        return poly.parent().base()(poly);
+__CACHED_INIT_POLY = {};
+def _get_initial_poly(poly, dic, m):    
+    '''
+        Method that computes the ith initial value of the polynomial
+        given when evaluated using the dictionary dic.
+    '''
+    ## Constant case
+    if(poly.is_constant()):
+        if(m > 0):
+            return 0;
+        return poly.parent().base()(poly);
     
-    ## Non-constant polynomial
-    ## Checking the Cache
-    global __CACHED_INIT_POLY;
-    if(not poly in __CACHED_INIT_POLY):
-        __CACHED_INIT_POLY[poly] = [];
+    ## Non-constant polynomial
+    ## Checking the Cache
+    global __CACHED_INIT_POLY;
+    if(not poly in __CACHED_INIT_POLY):
+        __CACHED_INIT_POLY[poly] = [];
     
-    found = False;
-    for el in __CACHED_INIT_POLY[poly]:
-        if(el[0] == dic):
-            found = True;
-            if(m in el[1]):
-                return el[1][m];
-            break;
-    if(not found):
-        __CACHED_INIT_POLY[poly] += [(dic, {})];
-        
-    result = None;
-    ## General case (poly is not a monomial)
-    if(not (poly.is_monomial())):
-        c = poly.coefficients(); mo = poly.monomials();
-        result = sum(c[j]*_get_initial_poly(mo[j],dic,m) for j in range(len(mo)));
-        
-    ## More than one variable
-    elif(len(poly.variables()) > 1):
-        var = poly.variables()[0];
-        deg = poly.degree(var);
-        oth = poly.parent()(poly/(var**deg));
-        
-        result = sum(binomial(m,k)*_get_initial_poly(var**deg, dic, k)*_get_initial_poly(oth, dic, m-k) for k in range(m+1));
+    found = False;
+    for el in __CACHED_INIT_POLY[poly]:
+        if(el[0] == dic):
+            found = True;
+            if(m in el[1]):
+                return el[1][m];
+            break;
+    if(not found):
+        __CACHED_INIT_POLY[poly] += [(dic, {})];
+        
+    result = None;
+    ## General case (poly is not a monomial)
+    if(not (poly.is_monomial())):
+        c = poly.coefficients(); mo = poly.monomials();
+        result = sum(c[j]*_get_initial_poly(mo[j],dic,m) for j in range(len(mo)));
+        
+    ## More than one variable
+    elif(len(poly.variables()) > 1):
+        var = poly.variables()[0];
+        deg = poly.degree(var);
+        oth = poly.parent()(poly/(var**deg));
+        
+        result = sum(binomial(m,k)*_get_initial_poly(var**deg, dic, k)*_get_initial_poly(oth, dic, m-k) for k in range(m+1));
     
-    ## A power of a variable (using Faa di Bruno's formula)
-    elif(len(poly.variables()) == 1):
-        var = poly.variables()[0];
-        deg = poly.degree();
-        ## Getting the function and the offset for the initial values
-        func = None;
-        for key in dic.keys():
-            if(var in dic[key]):
-                func = key;
-                offset = dic[key].index(var);
-                break;
-        
-        init = lambda n : func.getInitialValue(offset+n);
-        
-        ## Computing the final result
-        if(m > 0):
-            result = sum(falling_factorial(deg,k)*(init(0)**(deg-k))*bell_polynomial(m,k)(*[init(j+1) for j in range(m-k+1)]) for k in range(min(deg,m)+1));
-        else:
-            result = init(0)**deg;
+    ## A power of a variable (using Faa di Bruno's formula)
+    elif(len(poly.variables()) == 1):
+        var = poly.variables()[0];
+        deg = poly.degree();
+        ## Getting the function and the offset for the initial values
+        func = None;
+        for key in dic.keys():
+            if(var in dic[key]):
+                func = key;
+                offset = dic[key].index(var);
+                break;
+        
+        init = lambda n : func.getInitialValue(offset+n);
+        
+        ## Computing the final result
+        if(m > 0):
+            result = sum(falling_factorial(deg,k)*(init(0)**(deg-k))*bell_polynomial(m,k)(*[init(j+1) for j in range(m-k+1)]) for k in range(min(deg,m)+1));
+        else:
+            result = init(0)**deg;
     
-    if(not(result is None)):
-        ## Saving the result
-        for el in __CACHED_INIT_POLY[poly]:
-            if(el[0] == dic):
-                el[1][m] = result;
-                break;
-        return result;
-    else:
-        raise ValueError("An impossible point was reached");
+    if(not(result is None)):
+        ## Saving the result
+        for el in __CACHED_INIT_POLY[poly]:
+            if(el[0] == dic):
+                el[1][m] = result;
+                break;
+        return result;
+    else:
+        raise ValueError("An impossible point was reached");
     
 
 ###################################################################################################
@@ -3018,7 +3167,7 @@ def _command_list(elements):
     for i in range(len(elements)-1 ):
         res += command(elements[i]) + ", ";
     if(len(elements) > 0 ):
-        res += command(elements[-1 ]);
+        res += command(elements[-1]);
     res += "]";
     
     return res;
@@ -3063,7 +3212,7 @@ def __get_recurrence(f):
                 m = i;
                 break;
     
-    n = op._Operator__polynomialRing.gens()[0 ];
+    n = op._Operator__polynomialRing.gens()[0];
     
     rec = [op.get_recursion_polynomial(i)(n=n+m) for i in range(m,op.forward_order + 1 )];
     rec_gcd = gcd(rec);
index 90d0eba..933ea57 100644 (file)
--- a/setup.py
+++ b/setup.py
@@ -21,10 +21,10 @@ setup(
     name = "dd_functions",
     version = readfile("VERSION").strip(), # the VERSION file is shared with the documentation
     description='A Sage package for DD-finite functions',
-    ong_description = readfile("README.txt"), # get the long description from the README
+    # long_description = readfile("README.txt"), # get the long description from the README
     # For a Markdown README replace the above line by the following two lines:
-    #  long_description = readfile("README.md"),
-    #  long_description_content_type="text/markdown",
+    long_description = readfile("README.md"),
+    long_description_content_type="text/markdown",
     url='https://www.dk-compmath.jku.at/Members/antonio/sage-package-dd_functions',
     author = "Antonio Jimenez-Pastor",
     author_email = "antonio.jimenez-pastor@dk-compmath.jku.at",
@@ -47,7 +47,8 @@ setup(
         "ajpastor.operator",
         "ajpastor.lazy",
         "ajpastor.misc",
-        "ajpastor.tests"],
+        "ajpastor.tests",
+        "ajpastor.tests.dd_functions"],
     cmdclass = {'test': SageTest}, # adding a special setup command for tests
     setup_requires   = ['sage-package'],
     install_requires = ['sage-package', 'sphinx'],